Hikayat Merong Mahawangsa ini menceritakan tentang seorang nakhoda dan pahlawan yang bernama Merong Mahawangsa yang dikatakan berasal dari keturunan Iskandar Zulkarnain.
Pada tahun 120, Empayar Rom ketika itu di bawah pemerintahan Hadrian sementara di negara China, Dinasti Han merupakan sebuah empayar yang kuat dan telah memperluaskan pemerintahannya ke negara Asia Tengah.
Sewaktu angkatan Rom sedang membaik pulih kapal mereka di Goa, mereka meminta pertolongan Merong Mahawangsa mengiringi Putera Rom ke Langkasuka (dikatakan terletak di utara Malaysia) untuk berkahwin dengan seorang Puteri China yang cantik dari Dinasti Han.
Bagaimanapun, puak lanun dari Geruda mempunyai perancangan yang berbeza. Mereka memutuskan untuk menculik Puteri China dan menjadikannya sebagai tebusan. Di hujung pengairan Selat Melaka, Merong Mahawangsa dan angkatannya diserang oleh Geruda. Ikut cerita asalnya Geruda merujuk kepada burung Garuda tapi ditukar kepada sekumpulan Lanun dalam filem ni.
